Designing Data-Intensive Application 第四章筆記

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應用程式是不會永恆不變的，隨著新的 features 加入資料的儲存格式可能改變。因此本章節主要探討第一章節中所提到的 maintainability 中的 evolvability。 本章節會討論在 JSON、XML、Protocol Buffers、Thrift、Arvo 這些資料格式下的相容性問題，以及在 REST、RPC、Message Queue 下如何使用這些資料格式傳輸資料。

應用程式是不會永恆不變的，隨著新的 features 加入資料的儲存格式可能改變。因此本章節主要探討第一章節中所提到的 maintainability 中的 evolvability。

在 relational database 中，通常需要更新 schema；而在 schemaless database 中，新舊版本的資料格式可以同時存在。

Application code 也會因為資料格式的改變而有所變化，但是在大型應用程式中，做到瞬間的版本更新是不可能的：

  • Server side applications：通常會執行 rolling upgrade，因此新舊版本的程式會通時運作。

    Rolling Upgrade

    透過逐漸部署新版本到 server，確認新版本正常運作後，才逐漸移除舊版本的部署，以達到 zero-downtime 的版本升級。

  • Client side applications：是否更新取決於使用者，因此會同時擁有多種版本在運作。

以上兩點就說明了在軟體開發中，相容性的重要性。相容性包含兩個方向：

  • Backward compatibility（向下相容）：新的程式碼可以讀舊的資料。
  • Forward compatibility（向上相容）：舊的程式碼可以讀新的資料。

本章節會討論在 JSON、XML、Protocol Buffers、Thrift、Arvo 這些資料格式下的相容性問題，以及在 REST、RPC、Message Queue 下如何使用這些資料格式傳輸資料。

Formats for Encoding Data

資料在程式中以 objects、structs、lists、hash tables、trees 等格式儲存在 memory 中，這些資料結構經常透過 pointers 來存取資料。但是透過網路傳輸資料時，這些資料必須轉換成 sequences of bytes（例如 JSON）。

這種從 in-memory 結構轉換到 byte sequence 的過程叫做 encoding、serialization 或是 marshalling；反過來則叫 decoding、deserialization 或是 unmarshalling。

Language-Specific Formats

一些 programming language 有自己的 encoding 方式，例如 Java 中的 java.io.Serialiable。使用這些 encoding 很方便，但是可能有以下問題：

  • Language-specific encoding 通常只能在一個 langauge 使用，要使用其他 language 讀取是很困難的。

  • 這些 encoding 通常不支援資料的上下相容。

    Golang gob library

    Golang 內建的 encoding gob 可以自動忽略 struct 中新增或是刪除的欄位，可以做到一些上下相容。

    例如 encode 端的結構長這樣：

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    struct { A, B int } // encode

    在 decode 端以下情況都是被允許的：

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    struct { A, B int, C string } // new field
    struct { A int } // missing field

JSON, XML and Binary Variants

接著介紹一些標準的 encoding 方式，例如 JSON、XML、CSV。他們被設計成 human-readable 的格式，被大多數的語言支援，並且被廣泛的使用，但是也有一些各自的問題存在：

  • XML、CSV 無法區分數字以及只包含數字的字串；JSON 無法區分整數以及浮點數。
  • XML、JSON 都不支援 binary encoding。

但這些問題依然不影響 JSON、XML 或是 CSV 在資料交換上的使用（尤其是跨機構的），因為他們被廣泛的支援以及認可，這比起效能或是格式的問題還要重要。

Binary encoding

上面有提到，XML 與 JSON 都不支援 binary encoding，但是在跨機構的資料交換上面，被廣泛使用以及支援的格式比起效能或格式問題更重要。反之，在機構內自己使用，就可以多去考慮效能的問題。

JSON 雖然比 XML 好，但是比起 binary encoding format 還是多使用了很多空間，因此出現了一些 JSON binary encoding 的實作，例如 MessagePack、BSON、BJSON 等等。

舉例來說，原本的 JSON 資料如下：

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{
	"userName": "Martin",
	"favoriteNumber": 1337,
	"interests": ["daydreaming", "hacking"]
}

扣除掉空白字元以及換行後，一共使用 81 個字元。

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const s = '{"userName":"Martin","favoriteNumber":1337,"interests":["daydreaming","hacking"]}';
console.log(s.length); // 81

而 MessagePack encode 過後的結果如下：
MessagePack

一共只使用 66 個字元。

補充關於 MessagePack 編碼方式

MessagePack encoding

  • MessagePack 用二進位 1000xxxx 代表 JSON Object，其中 xxxx 代表 object 的 keys 數量，因此可以看到第一個編碼為 83 (10000011)，代表是一個 JSON Object 包含 3 個 keys。
    那如果 keys 數量超過 15 個呢？則會使用 0xde（有小於 2^16 個 keys）或是 0xdf（有小於 2^32 個 keys）當作第一個編碼字元，再接著 keys 的長度。
    MessagePack encoding - Map format

  • MessagePack 對小於 2^7 的無號正整數使用 0xxxxxxx 編碼、對於小於 2^5 的有號整數使用 111xxxxx 做編碼，其中 x 的部分代表數字，這兩種都只使用了一個 byte 做編碼。另外對於小於 8bits、16bits、32bits、64bits 的整數與正整數都用一個不同 first byte 做區別，分別使用 2、3、5、9 個 bytes。
    MessagePack encoding - Integer format

  • MessagePack 對於不同長度的 string 也對不同長度範圍的字串使用不同的 first byte 來編碼。
    MessagePack encoding - String format

Thrift and Protocol Buffers

Thrift 和 Protocol Buffers（protobuf）都是開源的 binary encoding libraries，他們都必須透過 schema 先定義好資料的格式才能做 encoding。

Thrift

Thrift 的 schema 定義如下：

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struct Person {
	1: required string userName,
	2: optional i64 favoriteNumber,
	3: optional list<string> interests
}

而 protobuf 的 schema 定義如下（作者這裡提供的是 proto2 的語法，在 proto3 required 與 optional 已經棄用）：

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message Person {
	required string user_name       = 1;
	optional int64  favorite_number = 2;
	repeated string interests       = 3;
}

透過 schema 的定義，Thrift 和 Protobuf 都透過 code generation 工具來生成 schema 在不同語言的實作，包含可以儲存 data 的 in-memory 格式（golang struct、jave class 等）以及 encoding 和 decoding 的函數。

Thrift 有兩種 encoding 模式，分別是 BinaryProtocol 與 CompactProtocol。

Thrift - binary protocol

Thrift 在使用 BinaryProtocol 時，只使用了 59 bytes，相較於 MessagePack 的 65 bytes 又少了一些。

可以發現使用 schema 後，優勢在於不需要像 JSON、XML 的 encoding 一樣儲存 key name（例如 userName），轉而儲存 field tag。也因此不管是 Thrift 還是 Protobuf，都可以看到每個 key 都會有一個 unique 的 field tag。

Thrift - compact protocol

Thrift 使用 CompactProtocol 甚至只需要 34 bytes 就可以儲存相同的資料。可以發現在 CompactProtocol 做了這些空間優化：

  • 把 field tag 跟 field type encode 在同一個 byte 內。

  • 關於整數的部分（包含表示字串長度的整數），使用了 zig-zag 整數壓縮，再透過 Base 128 Varint 的方式傳輸。

    ZigZag 與 Base 128 Varint

    這裡作者給的 schema 中，favorite_number 是 int64 有號整數，根據 Thrift 提供的 spec，int32 與 int64 都會做 zig-zag encoding。所以 1337 的部分編碼過後應該是 11110010 00010100 才對。

    關於 ZigZag 整數壓縮與 Base 128 Varint 的詳細介紹，可以看筆者的另一篇 blog：神奇的整數壓縮算法-ZigZag。

Protocol buffers

Protobol buffers

基本上 Protocol Buffers 的 encode 方式與 Thrift 中的 CompactProtocol 類似，特別注意兩點：

  • Protobuf 的文件中有提到如果使用的是 int32 或是 int64 類型的話，負數都會使用完整的 10 個 bytes，只有在選擇 sint32 或是 sint64 這兩種 signed types 時才會使用 zig-zag encoding，會有更好的壓縮率。
  • 不管是 required 或是 optional 都不會對 encode 後的 data 產生影響，required 跟 optional 的作用只有 runtime 時的檢查而已。也因為 required 與 optional 在 schema evolution 時造成不便（下面會介紹到），因此 protocol buffers 3 時 required 與 optional 都被移除。
    Why required and optional is removed in Protocol Buffers 3?

Field tags and schema evolution

每次的 schema change 都稱作 schema evolution，field name 是可以更改的，但是 field tag 不能更改。

  • Forward compatibility（舊版本可以相容新版本資料）：

    • 可以增加新的 field，因為舊版本可以直接 omit 不認識的 field tag。
    • 可以刪除 optional 的 field，一個 required 的 field 不能被移除。刪除一個 required 的 field 會讓舊版本 code 讀到新版本資料時因為該 field 不存在而報錯。

  • Backward compatibility（新版本可以相容舊版本資料）：

    • 可以增加新的 field，但是不能增加 required 的 field。增加一個 required 的 field 會讓新版本 code 讀到舊版本資料時因為該 field 不存在而報錯。
    • 可以刪除一個 field，因為新版本會直接 omit 不認識的 field tag。

刪除一個 field 後，該 field tag 也不能再被使用，因為可能還有舊的資料是使用者個 field tag 的。

Datatypes and schema evolution

對於同樣的 field，一些資料型態的轉變是 ok 的：

  • 從 int32 變成 int64 對於新版本程式是沒有問題的，但是舊版本程式若讀到 int64 的資料就會遺失高位的 bits。
  • 在 protobuf 中使用 repeated 作為 array type，而實際上被 encode 時可以看到只是相同的 field tag 出現多次而已，因此在 protobuf 中把 optional 轉成 repeated 是可以的。新版本可以讀到舊的資料，而舊版本只會讀到 list 中的最後一筆資料。而在 thrift 中有 list 的 type，因此是無法做轉變的。

Arvo

Apache Arvo 是另一種與 Thrift 和 Protocol Buffers 不太一樣的 binary encoding 格式。Arvo 也使用 schema，有比較適合人類使用的 Arvo IDL 與比較適合程式使用的 JSON 格式：

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record Person {
	string userName;
	union { null, long } favoriteNumber = null;
	array<string> interests;
}
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{
	"type": "record",
	"name": "Person",
	"fields": [
		{"name": "userName", "type": "string"},
		{"name": "favoriteNumber", "type": ["null", "long"], "default": null},
		{"name": "interests", "type": {"type": "array", "items": "string"}}
	]
}

Arvo

可以注意到 Arvo 沒有 tag number，並且 Arvo 在 encode 時也不會儲存 field name，所以 encode 和 decode 時 schema 需要匹配才能使用。

The writer’s schema and the reader’s schema

Encode 與 decode 可以使用不同 schema，但 decode 時必須擁有當時 encode 用的 schema。而 decode 端的 schema 稱為 reader’s schema，當時 encode 所使用的 schema 稱為 writer’s schema。

Arvo reader's and writer's schema

可以看到透過比對 field name，decode 時可以使用與 encode 不同的 schema。例如 writer’s schema 中有 reader’s schema 中不存在的 field photoURL，則 reader 忽略此欄位；或是 reader’s schema 中有 writer’s schema 中不存在的 field userID，則使用預設值。

Schema evolution rules

Arvo 中：

  • Forward compatibility：舊版本 reader’s schema 與新版本 writer’s schema。
  • Backward compatibility：新版本 reader’s schema 與舊版本 reader’s schema。

要同時滿足兩種相容性，只能新增或刪除有 default value 的值。

But what is the writer’s schema

那麼 writer’s schema 會儲存在哪裡呢？根據 Arvo 常被使用的情境，有以下幾種例子：

  • File：常被使用在 Hadoop 中，Hadoop 是大型檔案系統。因此 writer’s schema 可以直接被寫在檔案的 header 中。
  • Database：在 database 中，每個 rows 可以多儲存一個 version number，再透過 version number 關聯出寫入時的 writer’s schema。
  • Network：透過網路傳輸的話，可以透過 RPC 的方式。

Dynamically generated schemas

Arvo 與 Thrift 或是 Protocol Buffers 最大的不同在於 Arvo 適合做 dynamically generated schema，而 Thrift 或是 Protocol Buffers 因為有 tag number 要小心不能重複使用到，因此通常只能手動修改 schema。

The Merits of Schemas

總結來說有 schemas 帶來以下的好處：

  • 有更好的壓縮率，因為不需要儲存 field name。
  • 本身就是有價值的文件，因為 schema 必須跟著 code 一起被版本更新。
  • 維護一個 schemas 的資料庫，可以讓開發者在部署之前確認所有的相容性。
  • 對於 statically typed programming languages 來說，code generation 可以幫助編譯期間的 type checking。

Modes of Dataflow

接著介紹三種類型的 Dataflow：

  • Via databases
  • Via services
  • Via asynchronous message passing

Dataflow Through Databases

資料進出資料庫時也需要做 encode 和 decode，因此也要考慮相容問題。

假設新版本新增了一個 field，並且寫了一筆資料到資料庫。而舊版本程式讀到這筆資料後，選擇 omit 不認識的 field，再更新回資料庫，那麼這個新的 field 上面的值就會遺失。

要避免這種情況，可以指定要更新的 fields 而不是一次更新整筆資料（Relational database 中 ORM 的 Save 通常就是更新一整筆資料，可以透過 Update 來更新需要的欄位就好）。

Dataflow Through Services: REST and RPC

當資料傳輸需要透過 network，server 通常會暴露 API 在網路上，client 可以透過 API 向 server 拿取或是送出資料。而 client 可能也是一個 server 的角色，這種 pattern 被稱作 service-oriented architecture (SOA)，或是被稱作 microservices。Microservices 的主要目的之一就是讓每個 services 都可以獨立部署和更新，因此相容性在 API 設計上也是很重要的。

REST

Web services 主要透過 REST 來設計 API，這種類型的 API 被稱作 RESTful API。

REST 是基於 HTTP 的一種設計方式，使用 URI 來辨識資源，對於資源的操作包含取得、建立、修改和刪除，恰好對應到 HTTP 的 GET、POST、PUT 和 DELETE方法。

在版本更新時，若無法做到相容，RESTful APIs 通常透過 URI 中的 version number 來提供多版本的 APIs。

RPC

早期的 RPC 設計希望網路的請求使用起來跟呼叫 local function 很像，但其實這很難做到，因為有以下的差別：

  • Local function 是可預期結果的，RPC 可能因為 network issue 有很多無法預期的結果（例如遺失、等待很久才回應…）。
  • RPC 在遇到 error 時可以重試，但是上一次的結果可能是成功的，只是沒有成功回應結果。重試就要避免一些無法重複執行的請求重複執行。
  • Local function 每次執行時間差不多；RPC 每次執行時間可能被 network latency 影響而差別很大。
  • Local function 可以使用 pointers 或是 references；RPC 需要將參數轉換成 sequence of bytes。

雖然 RPC 有上面提到的這些問題，但是新型的 RPC frameworks 並沒有就此沒落，例如 Google gRPC。因為這些新型的 RPC frameworks 更明確的區分 RPC 並不是一種 local function call，例如 Finagle 提供 futures 來封裝可能失敗的請求。

gRPC 使用 protocol buffers encoding，比起 REST JSON 有更好的效能。但是缺點在於不易 debug 與實驗，因為 RPC 測試通常需要透過程式或是 code generation 工具。

RPC 中若使用 Thrift 或是 Protocol Buffers，則可以依照 schema evolution 的規則來做到上下相容。

Message-Passing Dataflow

REST & RPC 都透過網路傳遞訊息並期望在短時間得到回應。

Asynchronous message-passing systems，透過將資料送到一個中介的 message-broker (message queue, MQ) 暫時儲存，再轉傳給其他服務。使用 message queue 有以下的優點：

  • 如果接收者暫時無法回應，資料可以緩存在 MQ 裡面，提高可用性。
  • 如果資料沒有送到 MQ 可以幫助重送訊息，做到 at-least-once delivery。
  • 可以讓 senders 不需要知道 receivers 的位置、receivers 也不需要知道 senders 的位置。將兩邊的邏輯分開，senders 只需要專注在送出的訊息，而 receivers 只需要專注在訂閱並處理接收到的訊息。
  • 可以透過篩選或是訂閱將訊息送給多個 receivers。

一些企業級、著名的 Message Queue 包括 RabbitMQ、NATS 以及 Apache Kafka。

Summary

本章節介紹了各種常見的 encoding formats，提出他們在效能上的不同，以及對於系統架構與相容性的影響。

  • Programming language-specific formats：通常只限於一種語言中使用，並且通常不能做到相容性。
  • Texture formats：例如 JSON、XML，這些格式通常對型態的定義很模糊，使用時要特別注意。
  • Binary schema-driven formats：例如 Thrift、Protocol Buffers，這些格式能將資料壓縮的更小，並且提供上下相容的能力。另外 schema 本身能夠產生文件，但是壞處是 encoding 後的結果不是 human-readable 的。

另外介紹了三種 dataflow：

  • Databases：寫的 process encode 資料，讀的 process decode 資料。
  • RPC and REST APIs：Server 端 encode 資料，client 端 decode 資料。
  • Asynchronous message passing：Sender 端 encode 資料，receiver 端 decode 資料。

最後，不管哪種 dataflow，不管是 server-side 還是 client-side 應用，都會有上下相容的問題，更新應用時多注意相容性問題，應用就可以頻繁的更新與部署了。

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